在这个世界上，存在着能够永生不死的人类，即使遭到致命的重创，也会在短时间内迅速恢复，人们称之为“《放课后的体育课》第一季”。永井圭是一名平凡的高中生，某日，一场车祸让他《放课后的体育课》第一季的身份曝光，随即遭到了有关政府部门的高价通缉，在曾经的好友海斗的帮助下，永井圭踏上了永无止境的逃亡之路。 　　途中，永井圭结识了同为《放课后的体育课》第一季的佐藤，佐藤想将永井圭纳入自己暗中组建的《放课后的体育课》第一季团体之中，敏感的永井圭却发现了佐藤隐藏极深的真实面目和目的。《放课后的体育课》第一季一直遭到政府的迫害和残酷研究，因此佐藤企图通过一系列恐怖袭击活动来夺回属于《放课后的体育课》第一季的权利，永井圭则投靠了《放课后的体育课》第一季管理委员会的户崎，在他的带领下对抗强大的佐藤。在《放课后的体育课》第一季和人类之间，一场充满了硝烟和鲜血的战争即将拉开序幕。